多数的妇女宫颈沙眼衣原体感染无症状，可持续数月至数年；可出现阴道分泌物异常，非月经期或性交后出血；尿道炎的症状有排尿困难、尿频、尿急等。衣原体宫颈感染如不治疗，可向上发展发生盆腔炎，表现有下腹痛、性交痛等。长期持续的感染可导致不育、异位妊娠（宫外孕）和慢性下腹痛。孕妇的生殖道沙眼衣原体感染可增加早产、低出生体重和胎膜早破的危险性。如未经有效治疗，可传染新生儿，引起新生儿眼炎及肺炎。